Новый век в России начался с новым президентом: 31 декаб­ря 1999 года Борис Ельцин ушел в отставку, назначив исполняющим обязанности главы государства Владимира Путина. В 2000-е годы уровень благосостояния граждан России существенно вырос: страна испытывала экономический подъем. Уже в 2003 году темпы экономического роста составили приблизительно 7%.

Развивалась промышленность, в том числе и производства, способные удовлетворять спрос внутри страны. Были проведены реформы: налоговая, земельная, пенсионная, банковская, монетизация льгот, реформы трудовых отношений, электро­энергетики и железнодорожного транспорта.

Значительный вклад в благо­получие страны внесла нефтяная отрасль, конъюнктура для которой складывалась удачно: росли цены на нефть, увеличивалась добыча. Продолжалась приватизация нефтедобывающих и перерабатывающих предприятий, но в то же время правительство страны стремилось нарастить свое влияние на отрасль, выстроить внятную энергетическую политику. Были запрещены частные нефтепроводы, транспортная инфраструктура перешла под контроль государства.

Кризис 2008—2009 годов стал для отрасли суровым испытанием: цены на нефть к этому времени достигли пика, а затем стремительно рухнули, поставив под угрозу и экспорт, и инвестиционные программы. Самым сложным для нефтяников был IV квартал 2008 года, но уже к лету 2009-го компании восстановили и рентабельность добычи, и ее объемы. Более того, в этом году в строй вошли два крупных проек­та: на острове Сахалин заработал первый в России завод по производству сжиженного природного газа, а на севере Красноярского края началась промышленная эксплуатация Ванкорского нефтяного месторождения.

В России открылось несколько десятков заводов, собиравших автомобили ведущих мировых брендов, среди которых Ford, Kia, BMW, Renault, Chevrolet, Hyundai, Volkswagen, Skoda, Toyota и другие. Автомобиль больше не роскошь, а средство передвижения, которое можно менять раз в несколько лет, выбирая более новое, экологичное, современное.

Были введены новые стандарты моторного топлива, они ужесточили требования к содержанию вредных веществ в выхлопных газах. Так, осенью 2005 года в России был принят стандарт «Евро-2». Он все еще позволял использовать карбюраторные системы, но заставил автопроизводителей разрабатывать более современные нейтрализаторы, снижающие объем выбросов оксида азота. С введением этого стандарта на машинах с электронным впрыском впервые внедрили систему контроля состава продуктов сгорания в выхлопе.

В 2008 году начал действовать еще более жесткий стандарт — «Евро-3». Он фактически совершил революцию в автомобильной промышленности: производителям пришлось забыть о карбюраторах вообще и переводить все модели автомобилей на использование электронного впрыска. Стандарт «Евро-3» впервые в истории автопрома установил ограничение по выбросам сажи на километр пути для дизельных ­автомобилей.

МНПЗ самым серьезным образом готовился к введению новых стандартов топлива.

В 2000 году началось строительство установки изомеризации, способной перерабатывать 220 тыс. тонн сырья в год. Также была введена в эксплуатацию установка по производству ТАМЭ — высокооктановой добавки к автомобильным бензинам — мощностью 200 тыс. тонн. Это позволило повысить октановое число выпускаемых бензинов и снизить в них содержание олефинов, негативно влияющих на состояние двигателя автомобиля.

В 2002 году были завершены работы по реконструкции установки гидро­очистки 24−5, таким образом удалось снизить содержание серы в дизельном топливе. Это дало экологический эффект, сократив воздействие выхлопных газов на окружающую среду.

Введение в промышленную эксплуатацию установки ТАМЭ и установки гидроочистки дизельного топлива с новым реакторно-печным блоком позволило заводу на 3−4% увеличить выпуск бензинов с октановым числом 92 и 95 с улучшенными экологическими характеристиками, а также перейти на выпуск дизельного топлива с содержанием серы до 0,035%. Завод первым в России получил разрешение Госстандарта на производство бензинов марок «Премиум Евро-95» и «Регуляр Евро-92», соответствующих европейским стандартам качества.

Вскоре бензин марки АИ-95ЭК с кис­лородо­содержащей добавкой ТАМЭ был сертифицирован по стандарту «Евро-3».

В строительство установки ТАМЭ было инвестировано 180 млн рублей, а общий экономический эффект составил 25 млн рублей. В модернизацию установки гидроочистки дизельного топлива было вложено 310 млн рублей. Доля высокооктановых бензинов в структуре производимых бензинов на МНПЗ увеличилась до 63%.

Перед Московским НПЗ стояла задача не только повышать эффективность, то есть при минимальных затратах ресурсов получать с каждой тонны сырья максимальное количество востребованной продукции: марочные автобензины, дизельные топлива, авиационное топливо, — но и строго соблюдать отраслевые требования и стандарты, регламентирующие производственные процессы.

В 2001 году была создана организационно-методическая система управления промышленной безопасностью. Тогда на предприятии уже была внедрена быстродействующая система противо­аварийной защиты, отвечавшая европейским требованиям.

В 2002 году ввели технологию реагентной обработки и фильтрации оборотной воды, что снизило ее коррозионную агрессивность, склонность к образованию накипи и биооб­растаниям. В канализацию стало сбрасываться гораздо меньше оборотной воды.

В 2006 году была проведена модернизация систем управления и учета отпускаемой продукции на автоматизированном автомобильном терминале (наливной станции для отгрузки автобензинов).

Важную роль в системе менеджмента качества продукции всегда играла заводская лаборатория. Цех контроля качества включает семь лабораторий, охватывающих такие направления деятельности, как неф­тепереработка, нефтехимия, экология и мониторинг технологических процессов.

В декабре 2007 года на МНПЗ была введена лабораторно-информационная система ЛИМС — единая для всех лабораторий цеха. Через нее оформлялись протоколы испытаний, пас­порта готовой продукции. ЛИМС обеспечила сквозной конт­роль за качеством производимых нефтепродуктов.